文明開化からも取り残され、周囲との交流を避けてきた、古きよき時代の街並みと温泉街のある穂織の町。ある日、母親から穂織の町で旅館を営む祖父の手伝いを頼まれた主人公・有地将臣は、叢雨丸を折ったことが原因で、巫女姫である朝武芳乃と結婚を迫られる。戸惑う彼の前に、叢雨丸に宿る霊である少女・ムラサメや巫女姫に仕えるくノ一である常陸茉子が現れ、この町に隠された真実を知ることになる。